1865年至1877年，阿古柏透过新疆动乱和清廷力所不及，在沙俄、英国的教唆之下，带兵侵略新疆，被称作“阿古柏之乱”。阿古柏攻占新疆之后，建立了哲德沙尔汗国的社会和信仰统合。1867年，阿古柏废除了哲德沙尔汗国，改为比杜勒特汗国，又称“洪福汗国”，尊称哈里发。在这上百万人的新疆被占领之后，当地人民对当地的阿古柏残暴征税的高税并不满意。因此，阿古柏军队源自哄福汗国，只有四五万的散兵游勇挤满在一起。不管我们吹嘘了多少，都找不到一百万人。虽然总数不多，但军事装置也不少。
阿古柏的部队、骑兵、步兵、大炮、装备主要由英国和奥斯曼帝国获取。英国国人把装备卖给了阿古柏，但奥斯曼帝国则是因为特殊关系送给了阿古柏。当他告诉奥斯曼这个自顾不暇的封建王国阿古柏建立更加之后，他非常高兴，并派遣了大量装备。左宗棠经过多方不懈调解和努力，在其他大臣反对的情况下，顺利劝说清廷派兵。随后，他懈筹集军费、交通费、补给、枪炮等，下一步预备派兵。1875年夏，左宗棠在兰州举行国防动员大会，探讨进攻新疆的方案。
会上，左宗棠、刘锦堂确认了“先北后南，慢进快战”的战略方针。首先要攻占山势高、富饶的南疆，从高处削弱阿古柏，就地解决物资难题。另一方面，如果你一旦行动，你就必须急速击溃敌方。必须防止长期互相对峙的态势。1876年4月上旬，左宗棠从兰州迁往肃州（现在的甘肃酒泉）。此时，西征军少数军队已到达新疆的哈密、巴里坤的一线阵地。这个时候阿古柏得知了这个消息告诉马人得、白彦虎捍卫了北疆重镇乌鲁木齐等要地，伏击清兵。其中一支军队准备捍卫了金台获取胜利，并在天山南麓设立了一条前线，制止清兵攻打。2.7万人的主力部队布署在达坂城、哈密和托克逊。
6月末，刘锦堂率部抵达前线，与当地的清军金顺会师，8日转入扎阜康。阜康南部的古牧场是通向乌鲁木齐的要道，白彦虎曾派兵反抗。然而，刘锦堂和金顺假装在干道之上渡河，但实际上他们在6月24日沿着小路突袭了黄田，并围困了古牧地。28日，清兵攻破城池，击溃守军数千人。由于阿古柏在新疆残暴统治，底下的人心早已剥离。左宗棠创立专门团体，专责善后安抚工作，扩建新疆的战后重建事宜。经过报告，刘锦堂找到达坂城守卫军队毫无准备。清兵在夜晚的夜色掩护之下连夜围困了达坂城。
第二天一大早，敌方终于发现自己被围困了，立即向清兵开枪，甚至打死了正在军队检阅的刘锦堂的坐骑。然而，清兵没有攻打，敌方时隔三天难以撤退。前去解救的阿古柏次子海古拉的军队也被清兵击溃。20日，清兵炮轰了达坂城，打中了敌方的弹药库。敌方不知道究竟往何处去，一度陷于动荡。清兵趁机发起攻打，击败敌方，击溃2000多人，获得了达坂城的伟大胜利。
攻占达板城之后，刘锦堂对被俘的敌方展开了分而治之。其中，土尔扈特人维吾尔族被放出，但回到之后，他们被阿古柏处决。这一消息传遍之后，新疆还在依附阿古柏区域更加疏离，或投降清兵，或逃到其他地方，阿古柏根本难以冷静。见情势危急，海古拉立即返回吐鲁番和托克逊军队逃走。没了最高指挥官，这些散兵游勇居然开始随便劫掠周围区域。清军将领从从托克逊逃出的维吾尔族人那里明白了这些事，立即著手在托克逊市与敌方战斗。4月26日，苦战完结，清兵共歼灭2000余人，归降2万余人，伤亡仅92人。当日，清军东路军到达吐鲁番，吐鲁番的阿古柏军官马人得率部战败。此时，阿古柏出动将近3万人驻扎，相信达坂城、托克逊、吐鲁番的防御阵地已经倒塌。结论，阿古柏丧失了天山的阻隔，整个新疆的收复只是时间的问题。对于新疆的归属，自古以来都是我国不可分割的国土，阿古柏的分裂行径遭到了当时全民族的抵制和反抗，最终也成为了左宗棠攻打新疆并且成功收复回来的一个突破口。